Prowadzenie pasieki ekologicznej według obecnie obowiązujących przepisów nie jest proste i chociaż wielu pszczelarzy chciałoby się tego podjąć, to jednak pewne normy dla pszczelarstwa ekologicznego sprawiają że jest to sprawa bardzo trudna. Osoba chcąca uzyskać certyfikat pasieki ekologicznej musi wypełnić szereg przepisów. Niemniej trud jest wart poświecenia i warto zainteresować się zagadnieniami produkcji i spróbować podjąć próbę produkcji miodu ekologicznego potwierdzonego certyfikatem pasieki ekologicznej.

Jednym z najtrudniejszych warunków jakie powinna spełniać pasieka ekologiczna jest to, że w promieniu 3 km od pasieki ekologicznej źródłem pyłku i nektaru powinny być rośliny uprawiane metodami ekologicznymi lub rośliny dziko rosnące w warunkach naturalnych niezanieczyszczonego środowiska.

Ule należy wykonać z naturalnych materiałów, takich które nie stwarzają ryzyka skażenia środowiska ani produktów pszczelich.

Wosk pszczeli stosowany do nowych węz musi pochodzić z jednostek produkcji ekologicznej, musi to być więc wosk ekologiczny. W pasiekach ekologicznych zabronione jest stosowanie syntetycznych repelentów podczas czynności pozyskiwania miodu a także pozyskiwania miodu z plastrów w których jest czerw pszczeli. W przypadku dezynfekcji pasiek dopuszcza się stosowanie gorącej pary wodnej oraz bezpośredniego opalania. W przypadku wystąpienia warrozy w pasiekach ekologicznych dopuszcza się stosownie kwasu mlekowego, mrówkowego, octowego i szczawiowego, a także mentolu, tymolu, eukaliptolu lub kamfory. Jeżeli stosuje się leczenie syntetycznymi alopatycznymi produktami leczniczymi, to w tym okresie rodziny pszczele poddawane leczeniu należy umieścić w izolowanych pasiekach, a cały wosk wymienić na wosk pochodzący z pasieki ekologicznej. Następnie dla takich rodzin stosuje się okres jednego roku przestawiania.

Dokarmianie rodzin pszczelich w pasiece ekologicznej jest możliwe tylko w ściśle określonych przypadkach i może mieć miejsce tylko pomiędzy ostatnim zbiorem miodu i dłużej niż 15 dni przed rozpoczęciem następnego okresu wystąpienia nektarowania roślin.